L’attuale aspetto della Villa e le pregevoli strutture interne risalgono all’inizio del XVIII secolo quando la Contessa spoletina Lavinia della Genga Accoramboni restaurò ed ampliò l’edificio per farne un “casino di campagna” destinato principalmente alla caccia ed agli svaghi. Si suppone che l’edificio fosse stato concepito in origine come locanda per i pellegrini diretti al vicino Santuario della Madonna della Bianca, costruito nel 1530. A confermare questa ipotesi ci sono le strutture cinquecentesche del piano terra della Villa.
Nella prima metà del XIX secolo la Villa fu acquistata dalla Famiglia Fratellini, originaria di Campello, che ampliò la struttura e ne abbellì il relativo Parco. Nel 1885, il conte Luigi Arnoldi, giudice in Roma di origini trentine, acquistò l’intera proprietà per farne la residenza estiva della sua famiglia. Attualmente la proprietà è abitata dai discendenti del Conte, i Negri-Arnoldi ed Ojetti, odierni custodi di un luogo di incorrotto fascino e sobrietà.
Nel 2000, la splendida Villa ha ospitato le riprese del film “Domani”, diretto da Francesca Archibugi. L’anno successivo (nel 2001), la struttura è stata dichiarata di interesse storico dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali e, dal 2001 al 2006, grazie in parte ad alcuni finanziamenti della Regione Umbria, l’intero complesso insieme al relativo Parco è stato oggetto di manutenzioni e cure straordinarie.
Nell’estate del 2011, la Villa ed il parco hanno inoltre ospitato la manifestazione “Storie di Ville e Giardini”, patrocinata dalla Provincia di Perugia. Ulteriori collaborazioni ed iniziative si sono aggiunte negli anni successivi: dal 2011, infatti, Villa Negri-Arnoldi ospita la “Giornata nazionale delle Dimore Storiche” e la “Giornata dei Parchi d’Italia”. Di recente, precisamente dal 2022, è divenuta luogo di riferimento anche per la “Festa dei Frantoi”.